馬英九總統表示，不會因為大陸的訪客，而影響到國旗或是國父遺像的懸掛，這次維安中，國旗絕對不是問題，而是在於有沒有違法，有沒有使用暴力，警方執法不會針對任何旗幟，他沒有下令不准拿國旗。

民進黨抗爭陳雲林來訪，到處發動支持者用國旗進行抗議，和警方發生衝突，又再指控警方執法過當，以及不准民眾拿國旗，對此，馬英九總統下午親自做了說明。

馬總統指出，維安單位執法目標應是讓表達意見民眾到管制區外，而非針對民眾拿甚麼旗；他強調，台灣是一個自由民主社會，民眾喜歡拿什麼旗，是屬於言論自由範圍，政府不應干預。

大陸海協會會長陳雲林來台，藍營上上下下都搶著和他吃飯，似乎忘了台灣人民被毒奶粉傷害情景。

連戰、吳伯雄、宋楚瑜及王金平四大天王，名字都出現陳雲林這次來台的行程表裡，雖然在這些大老眼裡，陳雲林是他們的「老朋友」，盡盡地主之誼，吃一頓飯原本是一件小事，但隨著兩岸關係逐漸緩和，一直在國內被視為向中傾斜的藍營，是否也應該低調一點。

馬英九從選台北市長開始，自許為「新台灣人」，總統就職當天，馬英九以「戰後新移民」形容自己，企圖扭轉國民黨親中的形象，想與台灣深深結合在一起。

馬英九的說法，不但符合台灣現況，而且，在選前，改善兩岸關係、加強經貿交流，一直就是馬英九的主要政策主張，也是馬就任後，最能貫徹的政見。

台灣多數民意雖然支持三通及兩岸經貿交流，但，對於兩岸政治上的進一步整合，則有高度疑慮，更何況，大陸近來對台灣雖然態度已較為溫和，但是沿海對準台灣的飛彈，可沒有撤走一枚，台灣民意若在政治上，對大陸仍存有高度疑慮，是正常的反應。

也因此，在陳雲林來台前夕，馬英九特別安排媒體採訪，強調他堅持台灣主權。但是，他的努力，可能會被爭先恐後的藍營政治大老破功。